Το ΕΠAνΕΚ δομείται στους παρακάτω κύριους Αξονες Προτεραιότητας:
- «Ανάπτυξη επιχειρηματικότητας με Τομεακές προτεραιότητες» συνολικού προϋπολογισμού 2.367,8 εκ. ευρώ
- «Προσαρμογή εργαζομένων, επιχειρήσεων και επιχειρηματικού περιβάλλοντος στις νέες αναπτυξιακές απαιτήσεις» συνολικού προϋπολογισμού 849,9 εκ. ευρώ
- «Ανάπτυξη μηχανισμών στήριξης της επιχειρηματικότητας» συνολικού προϋπολογισμού 1.360,9 εκ. ευρώ
- «Τεχνική Συνδρομή ΕΤΠΑ» συνολικού προϋπολογισμού 70,5 εκ. ευρώ
- «Τεχνική Συνδρομή ΕΚΤ» συνολικού προϋπολογισμού 16 εκ. ευρώ